राष्ट्रीय अल्पसंख्यक शैक्षणिक संस्था आयोग (एन.सी.एम.ई.आई.) को एक अध्यादेश की घोषणा के माध्यम से स्थापित कर शुरू किया गया था। माध्यमिक एवं उच्चतर शिक्षा विभाग, मानव संसाधन विकास मंत्रालय, भारत सरकार ने 11 नवंबर 2004 को राष्ट्रीय अल्पसंख्यक शैक्षणिक संस्था आयोग अध्यादेश 2004 (2004 की सं.6) को अधिसूचित किया ।